교회 안으로 들어가려면 누구든지 돌문을 통과 할때 반드시 머리를 숙여야 한다. 그래서 돌문을 “겸손의 문”이라 통상 부른다. 원래 건축 당시에는 높은 문이었으나 말을 타고 교회 내로 들어가는 것을 막기 위하여 높이와 폭을 좁혔다고 한다.
겸손의 문을 통해서 교회 안으로 들어가면 11개의 돌기둥이 양편에 둘씩 모두 4줄로 늘어선 바실리카(Basilica) 형태의 건축양식과 바닥에 보존되어 있는 비잔틴시대의 일부 모자이크가 아직도 남아 있어 볼 수 있다.

교회 내부의 제단에서 지하계단으로 내려가면 예수님이 탄생한 곳, 예수님의 구유가 놓였던 곳, 동방박사가 경배한 곳이 있다. 특히 예수님이 탄생한 곳에는 은으로 만든 별 모양의 장식이 되어 있다. 이것은 1717년 천주교에서 만든 “베들레헴의 별”로써 별 둘레에는 라틴어로 “이곳에서 동정녀 마리아에게서 그리스도가 탄생하셨다.”는 문구가 새겨져 있다.

베들레헴의 별은 전쟁의 불씨가 되기도 했다. 1847년 러시아 정교회 측에서 천주교가 만든 베들레헴의 별을 일방적으로 제거했다. 당시 성지를 지배하던 오스만 터어키 당국은 원상회복을 요구했다. 결국 이 문제로 1853년에 크리미아 전쟁이 유발되었다.
탄생교회 바로 옆에 1881년에 천주교회가 세워져서 내부로 서로 통하고 있다. 예수탄생 동굴에서 천주교회로 가는 동굴 통로에 알메니안 교회가 자그마한 제단을 만들어 놓고 예배를 들인다. 이 제단을 통해서 올라가면 천주교회로 가게 된다.
천주교회는 예수탄생을 기뻐하고 찬미하는 마음과 뜻을 모아 세워졌다고 한다. 천주교회 내부의 지하계단으로 내려가면 지하동굴이 있다. 동굴의 넓은 바닥은 헤롯왕이 두살 이하의 아이들을 모아 죽인 곳이며 왼편 두곳의 좁은 동굴은 어린아이를 묻었던 곳, 그리고 정면에 요셉의 예배소, 오른편으로 들어가면 제롬을 따르던 제자의 무덤, 제롬의 무덤, 제롬이 성경을 번역한 곳들이 동굴내에 있다. 천주교회의 동굴과 예수탄생 동굴은 서로 통할 수 있는데 현재는 막아 놓았다.